在合并财务报表中，少数股东权益体现在合并资产负债表的“所有者权益”部分，作为非母公司股东在子公司所有者权益中的份额。根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定：

1. 当子公司当期亏损超过少数股东在期初所有者权益中的份额时，超出部分应继续冲减少数股东权益（第三十七条）。
2. 合并所有者权益变动表中应有“少数股东权益”栏目，反映少数股东权益的变动情况（第四十六条）。
3. 子公司当期净损益中属于少数股东的部分在合并利润表中以“少数股东损益”列示，综合收益中属于少数股东的部分以“归属于少数股东的综合收益总额”列示（第三十五条）。
4. 子公司所有者权益中不属于母公司的份额，即少数股东权益，在合并资产负债表中单独列示（第三十一条）。

在处理涉及少数股东权益的交易时，例如母公司购买子公司少数股东的股权，新取得的长期股权投资与按新增持股比例计算的子公司净资产份额之间的差额调整资本公积，资本公积不足时调整留存收益（第四十七条）。

如果需要抵消少数股东权益，通常会在合并过程中通过抵消内部交易和调整分录来实现。例如，当子公司向少数股东分配利润时，会借记“少数股东权益”，贷记“未分配利润—向股东分配利润”，同时调整合并报表中的相关项目。此外，如果子公司之间存在内部交易，相关的损益和权益变动也会在合并报表中进行抵消处理，以消除内部交易的影响。

综上所述，合并报表层面的少数股东权益会根据子公司业绩、内部交易和母公司对子公司少数股权的变动情况进行调整和抵消。