在合并财务报表中，少数股东权益的处理方法如下：

1. 子公司亏损处理：如果子公司当期亏损超过了少数股东在期初所有者权益中所享有的份额，其余额应继续冲减少数股东权益（企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）第三十七条）。

2. 所有者权益变动表：合并所有者权益变动表中应有“少数股东权益”栏目，反映少数股东权益的变动情况（第四十六条）。

3. 利润表体现：子公司当期净损益中属于少数股东权益的份额，应在合并利润表中净利润项目下以“少数股东损益”列示，综合收益中属于少数股东权益的份额以“归属于少数股东的综合收益总额”列示（第三十五条）。

4. 资产负债表列示：子公司所有者权益中不属于母公司的份额，即少数股东权益，在合并资产负债表中所有者权益项目下以“少数股东权益”项目列示（第三十一条）。

5. 披露要求：企业会计准则第41号要求在合并财务报表附注中披露与少数股东权益相关的信息，包括持股比例、当期归属于少数股东的损益、支付给少数股东的股利以及少数股东权益余额等（第八条）。

6. 权益性交易：如果涉及权益性交易，如母公司承担全部股份支付成本，但需将少数股东应承担的份额计入少数股东损益，这种情况下，虽然不影响合并报表层面的少数股东权益余额，但会影响资本公积（减少归属于母公司股东的资本公积，增加少数股东权益）。

7. 长期股权投资：在合并日，母公司对子公司的长期股权投资与子公司所有者权益的差额体现在合并报表的“少数股东权益”中，反映了少数股东在子公司所有者权益中的份额。

综上所述，合并报表中，少数股东权益的处理涉及多个方面，包括亏损的分担、报表项目的列示、权益性交易的会计处理以及相关信息的披露。