在审计汽车零配件制造业的存货时，注册会计师需要遵循企业会计准则和审计标准，确保存货的确认、计量和披露的准确性。以下是审计程序的关键步骤：

1. 存货的确认：根据企业会计准则第1号—存货（2006），存货需要满足经济利益很可能流入企业和成本能够可靠计量这两个条件才能被确认。审计师会检查存货的确认是否符合这一准则。

2. 存货盘点：审计师应关注存货盘点的完整性和准确性。这包括对存货盘点现场的监盘，确保期末存货记录准确反映实际的盘点结果。对于异地存放或第三方保管的存货，审计师应执行监盘程序，如查看期后入库单、报关单、提单等，并可能需要对已入库的存货执行监盘和抽盘程序。

3. 存货的计量：审计师要验证存货的计量是否准确，包括对在途存货、发出商品的审计，可能需要执行替代程序，如函证发出商品信息，查询主机厂相关供应链管理系统数据，分析收入确认的合理性。

4. 存货的披露：根据企业会计准则，企业需要在附注中披露存货的相关信息，包括各类存货的期初和期末账面价值、发出存货成本的方法、可变现净值的确定依据等。

5. 存货的完整性：审计师需要关注存货的完整性，检查存货的增减变动，执行截止测试，防止跨期确认收入。此外，审计师还会关注存货的跌价准备，确保其计提是否充分，尤其是在存在明显减值迹象时。

6. 监盘程序：审计师需要关注存货盘点和监盘的执行，包括对异地存货、第三方仓库的存货进行监盘，分析波动是否异常，防止人为调节收入。

综上所述，审计师在对汽车零配件制造业的存货进行审计时，会运用一系列程序来验证存货的确认、计量和披露的准确性，确保财务报告的可靠性。