运用创新技术和工具来降低公司税费的方法主要包括：

1. 税务筹划：企业可以利用税收优惠政策，如高新技术企业认证、研发费用加计扣除、技术转让税收优惠等，以降低应纳税所得额。

2. 数字化税务管理：采用先进的财务软件和ERP系统，实现税务数据的自动化处理，减少人为错误，提高申报的准确性和效率，避免因错误导致的罚款。

3. 大数据分析：通过大数据技术分析税务数据，预测税收趋势，优化税务策略，减少不必要的税费支出。

4. 合规的成本和费用管理：确保所有成本和费用的合规性，合理安排成本支出，如折旧和摊销，以降低应纳税所得额。

5. 增值税筹划：通过合理的发票管理和进项税抵扣，有效利用增值税抵扣政策，减少增值税负担。

6. 跨境税务规划：对于跨国企业，了解各国间的税收协定，避免双重征税，利用国际税收规则，降低海外业务的税费。

7. 自动化和人工智能：利用AI和自动化工具，提高税务合规性和效率，减少人工错误和潜在的税务风险。

8. 合规经营：确保企业经营行为符合税法规定，避免因违法行为产生的额外税费和罚款。

9. 培训和咨询：定期为财务人员提供税务培训，确保他们了解最新的税法变动和优惠政策，以充分利用这些信息。

10. 税务合规审查：定期进行内部税务合规审查，及时发现和纠正潜在的税务问题，防止因疏忽或误解税法导致的额外税费。

通过这些创新技术和工具，企业可以更有效地管理税务，降低税费负担，同时保持良好的税务合规性。