在并购交易中，如果目标公司有一个尚未开发完成且未来还需要投入的研发项目，判断并购后继续投入的研发支出是资本化还是费用化，需要根据企业会计准则来确定。根据《企业会计准则第6号——无形资产（2006）》：

1. 如果研发项目在并购前已经满足了资本化条件，即符合准则第九条列出的五个条件，那么这部分在建的研发支出在并购后应继续资本化，直到无形资产达到预定用途。

2. 并购后，对于需要继续投入的研发支出，需要评估这些支出是否满足资本化条件。如果满足，应资本化并增加无形资产的账面价值；如果不满足，应费用化，计入当期损益。

3. 如果并购是非同一控制下的企业合并，购买方需要根据公允价值重新评估目标公司的资产，包括在建的研发项目。如果并购是同一控制下的企业合并，通常按照账面价值进行会计处理。

因此，具体是资本化还是费用化，取决于研发支出是否满足资本化条件，以及并购的类型。并购后的研发支出应根据并购时点的研发项目状态和相关会计准则进行处理。