当企业已经平价将存货转移给关联方公司，并且已经收到款项，但在本期末仍有挂账，这通常意味着这笔交易已经完成，但账务处理可能未及时更新。在这种情况下，清理挂账的分录应该是：

1. 如果款项已经收到，但存货尚未从账面上转出，应将存货从“库存物品”科目转出，减少相应金额，同时确认为销售收入或营业收入。会计分录如下： 借：银行存款（或其他相关科目，根据实际收款情况） 贷：主营业务收入（或其他业务收入，根据存货性质）

2. 同时，为了匹配收入与成本，需要结转成本，假设存货成本与售价相同： 借：主营业务成本（或其他业务成本） 贷：库存物品

这样，存货的挂账就会被清理，同时收入和成本得到正确记录。如果之前已经做了挂账处理，需要检查“应收账款”或“预收账款”科目，确保款项已经正确入账，并相应调整存货科目。如果存在差异，需要进行调整以反映实际的交易状况。