员工资格认证费是否需要进行进项税转出，取决于这些费用的用途。根据增值税核算制度，如果员工资格认证费用于企业的正常生产经营活动，其相关的进项税额通常是允许抵扣的。但如果这些费用用于非应税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费，那么按照现行增值税制度规定，其进项税额不得从销项税额中抵扣，需要进行进项税转出。

因此，如果员工资格认证费是企业为了提升员工技能，与经营活动直接相关，进项税额是可以抵扣的，不需要转出。但如果这些费用被视为员工福利或个人消费，那么进项税额则需要转出。

具体情况下，企业应根据实际情况和税法规定判断是否需要进行进项税转出操作。