根据企业会计准则和税法规定，公司在给员工发放工资时需要代扣代缴个人所得税。公司应按照个人所得税法的规定，计算每个员工的应纳税所得额，这通常涉及到以下几个步骤：

1. 确定员工的应发工资，包括基本工资、津贴、补贴等。
2. 从应发工资中扣除社会保险费（如养老保险、医疗保险、失业保险等）、住房公积金，以及可能的其他法定扣除项目。
3. 计算员工的应纳税所得额，即应发工资减去上述扣除项目以及个人所得税法规定的其他允许扣除的专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等）。
4. 根据员工的应纳税所得额，参照个人所得税税率表，计算出应缴纳的个人所得税金额。
5. 最后，从员工的实发工资中扣除计算出的个人所得税，将剩余金额支付给员工，并将代扣的税款按时缴纳给税务机关。

这个过程确保了员工的个人所得税按照正确的税率和扣除标准进行计算和缴纳。公司需要记录这些代扣税款，并在适当的时间向税务机关申报和缴纳。