根据企业会计准则第5号-存货的规定，存货应当在实际购入时进行初始计量。实际购入须满足企业对购入的存货拥有控制权这一条件，即能够控制存货带来的经济利益。预付设备款并收到发票，如果尚未发货，意味着企业尚未获得控制该设备的权利。此时，企业应当将已支付的款项计入“预付账款”科目，而不是“在途物资”或“存货”。

关于大型设备的确认问题，若对方采用时段确认的方法确认收入，而你们企业则需基于对控制权的转移来确认成本。对于你方，存货的确认应基于控制权转移的时点，而与对方确认收入的时间差异不影响你方的会计处理。也就是说，你方的采购仅在控制权实际转移时才会全额确认为“在途物资”或“存货”。

如果采用时段确认计入科目，比如制造商实施了长期合同中的一部分并且按照生产进度计费时，你方可以参照企业会计准则第16号-合同资产的要求，若支付的款项超过已转移控制权的商品或劳务的公允价值，则超出部分应当计入“在途物资”或者其他相应资产科目，并根据具体情况做进一步的会计处理。但一般来说，如没有接受相关货物或劳务，不应确认为“在途物资”。