在股权转让时，留存收益转增股本通常不直接影响股权转让所得的计算。股权转让所得是股权转让价款与股权转让人初始投资成本之间的差额。留存收益是公司的盈余积累，它属于公司所有，而不属于股东个人的资产。当公司用留存收益转增股本时，这是一项公司层面的交易，它不会改变股东的初始投资成本，也不会直接增加股东的个人财富。

根据企业会计准则，股东在转让其股权时，其所得是基于转让价格与取得股权时的成本之间的差额。留存收益转增股本可能会改变公司的资产负债表结构，但不会直接影响股东的初始投资成本，因此在计算股权转让所得时通常不予以扣除。

然而，如果留存收益转增股本导致了股权价值的增加，这可能间接影响股权转让价格，从而影响股权转让所得。但这种影响是通过影响股权的市场价值来实现的，而不是直接调整初始投资成本。在计算股权转让所得时，需要考虑的是转让价格，而不是留存收益转增股本的金额。