根据《中华人民共和国增值税暂行条例》和相关税法规定，纳税人购进农产品，可以从销项税额中抵扣进项税额。如果收购农产品是从农业生产者那里直接购进，且农业生产者销售的是自产农产品，那么销售方免税，购买方可以按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额。如果收购方是向从事农业生产的自然人以外的单位和个人购进农产品，应向对方索取增值税专用发票或普通发票，不得自行开具农产品收购发票。

因此，企业在收购农产品时，应根据交易对象和相关发票类型来正确处理增值税的会计分录，并确保符合税法规定，正确计算和抵扣进项税额。如果开具的是增值税专用发票，购买方在收到发票后，应根据发票金额和扣除率计算可抵扣的进项税额，并进行相应的账务处理。