根据企业会计准则第2号——长期股权投资（2014）-第二章 初始计量-第五条，企业合并形成的长期股权投资，应当按照下列规定确定其初始投资成本：（一）同一控制下的企业合并，合并方以支付现金、转让非现金资产或承担债务方式作为合并对价的，应当在合并日按照被合并方所有者权益在最终控制方合并财务报表中的账面价值的份额作为长期股权投资的初始投资成本。长期股权投资初始投资成本与支付的现金、转让的非现金资产以及所承担债务账面价值之间的差额，应当调整资本公积；资本公积不足冲减的，调整留存收益。

在这个案例中，A公司通过发行股份的方式购买了B公司100%的股权，属于非同一控制下的企业合并。因此，A公司应按照发行股份的公允价值作为长期股权投资的初始投资成本。

发行股份的总价值 = 发行股份数量 × 发行价格 = 45,357,143股 × 11.20元/股 = 507,999,991.60元。

A公司支付的佣金和手续费800万元以及审计评估费300万元，这些费用应计入长期股权投资的初始投资成本中。

因此，长期股权投资的初始投资成本 = 发行股份的总价值 + 佣金和手续费 + 审计评估费 = 507,999,991.60元 + 800万元 + 300万元 = 511,099,991.60元。

合并日B公司的账面净资产为377,861,105.03元，评估增值3,500万元，因此合并日B公司的公允价值为377,861,105.03元 + 3,500万元 = 381,361,105.03元。

A公司单体报表中长期股权投资的金额应为511,099,991.60元。

分录如下： 借：长期股权投资 511,099,991.60元 贷：股本 45,357,143股 × 1元/股 = 45,357,143.00元 贷：资本公积 45,357,143股 × (11.20元/股 - 1元/股) = 462,642,856.60元 贷：银行存款 800万元 + 300万元 = 11,000,000.00元

以上分录反映了A公司通过发行股份购买B公司100%股权的交易，并记录了相关的长期股权投资和资本公积的变动。