根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第四章 披露-第十八条，企业合并成本应当以上市公司股票在购买日的公开市场价格为基础确定。如果作为合并对价发行的股票附有一定限售期和限售条件，可以采用适当的估值技术确定公司发行股票的价值，并据此计算企业合并成本。在极特殊的情况下，如果上市公司能够证明被购买方的公允价值可以更可靠地确定，亦可以以被购买方在购买日的公允价值为基础计算确定合并成本。

因此，发行股份的公允价值应基于购买日的公开市场价格，或者通过适当的估值技术来确定，特别是在股票附有限售期和限售条件的情况下。如果存在特殊情况，也可以考虑以被购买方的公允价值为基础来计算合并成本。