根据企业会计准则第20号——企业合并（2006）-第四章 披露-第十八条，企业合并成本应当以上市公司股票在购买日的公开市场价格为基础确定。如果作为合并对价发行的股票附有一定限售期和限售条件，可以采用适当的估值技术确定公司发行股票的价值，并据此计算企业合并成本。

在您的例题中，如果A公司发行的股份在合并日存在公开市场价格，那么该价格应作为发行股份的公允价值。如果股份附有限售期和限售条件，或者存在其他特殊情况，需要采用适当的估值技术来确定公允价值。如果无法直接确定公允价值，可以考虑以购买日被购买资产的公允价值为基础确定合并成本。

因此，要确定A公司发行股份在合并日的公允价值，需要具体分析合并日的市场情况、股份的限售条件以及其他相关因素，并可能需要采用估值技术来确定。