在法人独资企业将40%的股权转给新股东的情况下，如果账面上存在未分配利润，但企业整体是亏损的，这涉及到股权转让的税务处理。根据企业所得税和个人所得税的规定，股权转让通常会产生所得税责任，但具体是否需要纳税，要看以下几个方面：

1. 企业亏损情况：如果企业整体亏损，这意味着企业的应纳税所得额为负。在某些情况下，企业可以使用亏损来抵减未来的应纳税所得额，但这通常指的是企业所得税，而不是针对股权转让的个人所得税。

2. 个人所得税：对于自然人股东来说，股权转让的收益通常按个人所得税处理。即使企业亏损，股权转让可能仍然会产生收益，因为股权的价值可能高于其原始成本。在这种情况下，个人股东可能需要就股权转让的收益缴纳个人所得税，即使企业层面是亏损的。

3. 未分配利润：未分配利润本身的存在不会直接影响股权转让的税负，除非这部分利润实际被分配给股东。如果未分配利润在股权转让后被分配，那么分配时可能会涉及个人所得税。

4. 亏损结转：企业亏损可以结转到未来年度抵减应纳税所得额，但这通常不直接影响股权转让的税务处理。股权转让的税负主要基于转让价格与股权原始成本的差额。

因此，尽管企业整体亏损，股权转让可能仍需要缴纳个人所得税，具体税负取决于股权转让价格、股权原始成本以及适用的税务政策。建议咨询税务专业人士以获取详细的税务建议。