公司转让不动产时，需要计算缴纳增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加以及可能的土地增值税。具体计算步骤如下：

1. 增值税：
2. 如果是2016年5月1日后取得的不动产，一般纳税人通常按卖出价扣除买入价后的差额作为销售额，适用的增值税税率通常是9%（如果选择简易计税方法，税率可能为5%）。

3. 如果是2016年4月30日前取得的不动产，企业可以选择简易计税方法，以全额销售额的5%计算增值税。

4. 城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加：

5. 这些税费通常是基于应缴纳的增值税额来计算的，具体比例可能因地区而异，通常城市维护建设税为增值税的7%（或5%，或1%），教育费附加为3%，地方教育附加为2%。

6. 土地增值税：

7. 土地增值税是根据转让不动产所获得的增值额和适用的税率计算的。增值额是转让收入减去扣除项目金额（如买入成本、合理税费等）。

8. 税率通常有四级超率累进税率，分别是30%、40%、50%和60%，具体适用哪一级取决于增值率。

9. 印花税：

10. 转让合同通常还需要缴纳印花税，通常是合同金额的0.05%。

11. 企业所得税：

12. 转让收益需计入企业所得税的应纳税所得额，按企业所得税税率（25%）计算缴纳。

请注意，以上是一般情况下的处理，实际计算时需要根据具体的税法规定、地方政策以及企业的具体情况（如是否为房地产开发企业、是否有优惠政策等）来确定。此外，如果是个人转让住房，税率和扣除项目可能有所不同。在计算时，建议咨询专业税务顾问或参照当地税务局的指导。