主营业务收入小于生产成本价可能表明公司可能存在销售价格过低、成本控制不当、定价策略问题或者是收入确认不准确的情况。在审计时，应关注以下几个方面：

1. 收入确认原则：根据企业会计准则，收入应在商品或服务所有权转移，或在提供劳务的同时，满足收入确认的五个条件时才能确认。检查公司是否正确应用了这些原则。

2. 成本计算准确性：核实生产成本的计算是否准确，包括直接材料、直接人工和制造费用的分配。确保成本计算没有遗漏或错误。

3. 销售价格政策：理解公司的定价策略，评估价格是否反映了市场状况和产品价值。如果价格持续低于成本，需要探究原因。

4. 销售合同审查：检查销售合同，确认收入和价格条款是否符合合同约定，是否存在特殊折扣或回扣安排。

5. 库存管理：分析库存水平和周转率，如果库存积压可能导致降价销售，这可能是收入低于成本的一个因素。

6. 审查相关凭证和记录：核对销售发票、出库单、采购订单等，确保交易的真实性。

7. 财务报表分析：对比历史数据，分析收入和成本的趋势，寻找异常波动的原因。

审计报告中，应详细描述这些发现，并提出建议，如改进成本控制、重新评估定价策略或调查潜在的收入确认问题。如果问题严重，可能需要在审计意见中反映，例如作为保留意见的基础，或者在强调事项段中提及。