根据企业会计准则，当母公司以固定资产投资设立子公司时，在合并财务报表层面，需要进行以下抵消处理：

1. 母公司固定资产的账面价值应与子公司实收资本（或股本）相抵消，体现为母公司的投资增加和子公司的股东权益增加。
2. 如果固定资产存在未实现的内部销售利润，即母公司在固定资产出售给子公司时的售价高于其账面价值，那么这部分未实现的利润应在合并报表中抵消，减少母公司的资产和子公司的负债，同时减少合并利润表中的收入和成本。
3. 如果固定资产已提折旧或存在减值，相应的折旧或减值准备也应在合并报表中抵消，以反映内部交易的完整影响。
4. 如果固定资产的公允价值与账面价值不同，且母公司在投资时是按照公允价值计量的，那么公允价值与账面价值的差额应体现在长期股权投资的初始确认中，而不是直接抵消。

因此，合并财务报表中会体现母公司对子公司的长期股权投资，而不再有母公司的固定资产和子公司的相关资产、负债的记录，同时，内部交易的影响会在合并利润表中得到调整。