在甲公司替乙公司支付奖金并代为申报个税的情况下，如果甲乙公司都是独立的法人实体，并且在税务上被视为独立的纳税人，这样的操作可能存在税务风险。首先，甲公司支付的奖金应被视为乙公司的成本或费用，但如果没有适当的合同支持和合理的商业理由，税务机关可能会质疑这笔交易的合理性，甚至可能认为这是逃避税收的行为。其次，甲公司代乙公司支付个税时，需要确保符合税法对于代扣代缴的规定，否则可能面临未及时履行代扣代缴义务的罚款或其他税务处罚。

为了避免税务风险，甲乙公司应确保所有交易都有明确的合同依据，交易价格公允，且符合税法规定。同时，双方都需要准确记录和报告这些交易，以便在税务审计时能提供充分的证据。此外，建议咨询税务专业人士以获取具体的税务建议和合规指导。