穿行测试是一种审计程序，主要目的是为了了解和验证被审计单位的业务流程及其内部控制是如何运作的。它涉及追踪一个或多个典型交易或事件从开始到结束的全过程，包括数据的输入、处理和输出，以确定这些流程是否与管理层的描述相一致，并确认控制是否实际被执行。穿行测试通常在审计的初步阶段进行，帮助注册会计师理解企业的运营模式，评估内部控制设计的有效性，并确定哪些控制需要进一步测试以评估其运行的有效性。

控制测试则是在了解内部控制的基础上，对选定的控制进行操作测试，以评估这些控制在防止或发现并纠正财务报表错报方面的效果。控制测试的目的是验证控制是否按照设计运行，并在一段时间内持续有效。

两者的主要区别在于，穿行测试主要关注内部控制的设计和是否得到执行，而控制测试侧重于测试控制运行的有效性。穿行测试通常用于了解阶段，而控制测试通常在实质性测试阶段进行。