在注销公司时，如果财务报表中的应收账款、其他应收、应付账款、其他应付款、预付账款、预收账款等科目的注销当年期末数与期初数之差大于100万，税务机关通常会要求企业处理这些未结清的往来款项。以下是处理方法：

1. 应付账款无法支付：
2. 会计处理：将应付账款转为营业外收入。

3. 税务处理：不需要缴纳增值税，但需并入利润总额，计算企业所得税。

4. 应收账款无法收回：

5. 会计处理：确认为坏账损失或营业外支出，可能需要提供相关证明资料。
6. 税务处理：根据具体情况，可能需要提交证明材料，如债权人放弃债权、债务人破产等。

在注销过程中，不能简单地将无法支付的应付账款与无法收回的应收账款直接相互冲抵，因为这违反了会计准则。企业应按照准则规定，分别处理这两类事项，比如计提坏账准备、结转已计提的减值准备等。

在处理这些往来款项时，企业需要确保所有交易的合法性和合规性，并根据实际情况进行账务调整，以满足注销要求。同时，需要与税务机关沟通，确保所有步骤符合税务规定，以便顺利进行公司注销。