根据企业会计准则，当客户支付的研发经费被视为已发生的且不可撤销的费用时，这部分款项应当在收到时确认为收入，因为它们代表了公司已完成的服务或履行的义务。如果合同中明确提到这些费用只有在不可抗力情况下才可能返还，那么通常情况下这些费用不会被退回，因此应当在符合收入确认条件时立即确认收入。

在会计处理上，当收到客户支付的项目启动经费和研发经费时，应做如下分录： 1. 借：银行存款（或其他相关科目，如预收账款，如果服务还未全部提供） 2. 贷：主营业务收入（或其他相关收入科目）

随着研发服务的进展，如果服务是分期提供的，可以逐步确认收入。如果服务是一次性完成的，那么在服务完成后，全部收入应被确认。

如果发生不可抗力事件导致需要退还部分或全部费用，那么相应的会计处理将涉及冲减已确认的收入和退款给客户。这种情况下，需要根据具体事件和合同条款来判断退款的会计处理。

请注意，确保在确认收入时遵循收入确认的五步法原则，即合同识别、履约义务识别、交易价格确定、收入分配到各履约义务、收入和成本的确认。在实际操作中，应根据具体情况和会计政策来执行。