在采用净额法确认收入并考虑增值税的情况下，会计分录通常如下：

1. 当收到客户支付的总金额（包括增值税）时：

借：银行存款（含增值税的总金额）
贷：主营业务收入（商品售价扣除增值税后的净额）
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）

这里的销项税额是根据商品或服务的税率计算得出的。

1. 如果企业还代收了其他第三方款项，例如代收的运输费：

借：银行存款（总金额，包括增值税和其他代收费用）
贷：主营业务收入（商品售价扣除增值税后的净额）
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）
贷：其他应付款（代收的运输费等）

请注意，实际的会计处理可能会根据企业的具体情况和当地税法有所不同。在确认收入时，企业应根据《企业会计准则第14号——收入》来判断是否适用收入净额法，并确保遵循相关准则的要求。