在审计关联方交易时，注册会计师通常会执行以下程序来确保交易的公允性和真实性：

1. 关联方识别和交易披露的完整性：审计师会评估公司的关联方识别和披露政策，确保公司已按照企业会计准则第36号-关联方披露的要求，完整披露关联方关系和交易的性质、类型及交易要素。

2. 交易真实性：通过检查协议、出库单、销售发票和回款凭证，结合函证和监盘程序，以验证交易是否实际发生。

3. 交易价格公允性：审计师会将关联方交易价格与非关联方交易价格或市场价格进行比较，以判断价格是否合理。

4. 内部控制评估：审计师会测试和评估公司识别和披露关联方关系及其交易的内部控制，例如管理层定期复核关联方清单，执行关联方对账等。

5. 实物资产核查：如果交易涉及实物资产，审计师可能会进行实物资产的核查，如实地走访关联客户和访谈相关人员，以了解交易的必要性和公允性。

6. 未披露关联方的核实：审计师会调查重要交易对方的背景信息，询问管理层和基层员工，甚至可能进行实地走访和函证，以确认是否存在未披露的关联方关系和交易。

7. 分析和比较：审计师会检查关联方交易的会计处理，可能包括检查财务报表，对比关联方交易的会计处理和披露，以确保符合会计准则。

8. 沟通和询问：审计师会询问管理层重大交易的情况，查阅会议记录，获取书面证明，以了解重大交易的授权情况。

9. 审计证据的获取：审计师会收集更多证据，以支持其审计结论，这可能包括向关联方询证交易的条件和金额，检查关联方持有的证据。

通过这些程序，审计师能够评估关联方交易的完整性和公允性，确保财务报表的准确性和可靠性。