根据企业会计准则，当债务人将债务转为权益工具，如股票，债务人应当按照权益工具的公允价值计量，即甲公司应按照股票的公允价值确认股本，同时将所清偿债务的账面价值与权益工具的公允价值之间的差额确认为债务重组收益。

在这个案例中，甲公司以1000万股普通股股票清偿8000万元的债务，每股面值1元，总面值为1000万元。股票的公允价值为每股7.5元，因此股票的公允价值总额为7500万元（1000万股 * 7.5元/股）。甲公司支付给券商的100万元佣金应计入财务费用，因为这是与发行股票相关的费用。

因此，甲公司应确认的会计分录如下： - 应付账款减少8000万元（债务账面价值） - 股本增加1000万元（1000万股 * 1元/股的面值） - 资本公积（股本溢价）增加6500万元（7500万元 - 1000万元的股本） - 管理费用增加100万元（支付给券商的佣金）

所以，正确的会计处理是： B. 甲公司应确认的资本公积（股本溢价）为6500万元

因此，正确答案是B。甲公司应确认的资本公积（股本溢价）为6500万元。