根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，判断是否应将被投资方纳入合并范围的基础是控制权的存在。通常，持有被投资方半数以上的表决权是拥有控制权的一个重要标志，但并非唯一标准。在支付了50%股权对价款后，即使没有完成工商变更，A公司需要考虑其是否已经能够主导B公司的相关活动，包括但不限于对B公司董事会的任命权、重大交易的决策权、是否有特殊关系等因素。如果A公司能够证明它实际上已经控制了B公司的财务和经营政策，并享有相应的利益、承担相应的风险，那么即使工商变更尚未完成，A公司可能可以将B公司并入合并财务报表。然而，如果工商变更的延迟可能导致控制权的不确定性，A公司可能需要等待变更完成并确认控制权后再进行并表。