当可转换公司债券到期且债券持有人选择不转换为普通股，而由发行方赎回时，会计处理涉及以下步骤：

1. 终止确认负债成分：发行方应将“应付债券——面值”和“应付债券——应计利息”科目余额转销，同时，如果存在利息调整，应将“应付债券——利息调整”余额转至“财务费用”或相应损益科目。

2. 对于其他权益工具部分，由于这部分是非衍生金融工具，且在债券存续期间其公允价值变动计入其他综合收益，所以在赎回时，应将“其他权益工具”科目的余额转出。根据企业会计准则，这部分累计的利得或损失应当从其他综合收益中转出，计入留存收益。因此，借记“其他综合收益”，贷记“盈余公积——法定盈余公积”和“利润分配——未分配利润”。

请注意，如果企业有特定的会计政策或合同条款规定不同的处理方式，应遵循这些规定。在实际操作中，应根据具体情况和会计准则进行账务处理。