A公司收购B公司持有的C公司60%股权，这属于购买少数股权的交易。根据《企业会计准则第33号——合并财务报表》第四十七条，A公司在合并财务报表中，因购买少数股权新取得的长期股权投资与按照新增持股比例计算应享有C公司自购买日或合并日开始持续计算的净资产份额之间的差额，应当调整资本公积（资本溢价或股本溢价），资本公积不足冲减的，调整留存收益。

在这种情况下，C公司的评估价值是1亿，A公司收购60%股权对应的评估价值是0.6亿，但实际支付的收购价是0.4亿。因此，A公司账务处理如下：

1. 计算应享有C公司净资产份额： A公司新增持股比例对应的C公司净资产份额 = 60% * 1亿 = 0.6亿

2. 计算差额： 差额 = 收购价 - 应享有净资产份额 = 0.4亿 - 0.6亿 = -0.2亿（负数表示A公司支付的价格低于其应享有的净资产份额）

3. 调整资本公积和留存收益： A公司需要将此负差额0.2亿调整资本公积，如果资本公积不足冲减，则继续调整留存收益。

会计分录如下（假设资本公积不足冲减，需调整留存收益）：

借：长期股权投资 - C公司 0.4亿 贷：资本公积 - 资本溢价 0.2亿 利润分配 - 未分配利润 0.2亿

这样，A公司就完成了对C公司60%股权的收购，并相应调整了资本公积和留存收益。