采购货物时如果存在质量扣款，通常会在支付货款时一并处理。根据企业会计准则，质量扣款可以被视为对购入成本的调整。当收到货物并发现质量问题，且与供应商协商后确定了扣款金额，会计处理如下：

1. 如果货物已经验收入库，但尚未支付货款，质量扣款可以在支付货款时直接从应付账款中扣除，会计分录如下： 借：应付账款（应付金额 - 扣款金额） 贷：银行存款（实际支付的金额）

2. 如果货物已经验收入库并且已经全额支付，质量扣款需要做调整，会计分录如下： 借：原材料/库存商品（原成本 - 扣款金额） 贷：应付账款/银行存款（扣款金额）

3. 如果货物尚未验收入库，质量扣款应在收到货物并验收入库时处理，调整入库成本。

请注意，上述处理方式假设质量扣款不会导致退货，如果是退货，那么涉及的会计处理会有所不同，可能需要通过“应收退货成本”科目进行核算。如果退货，参照企业会计准则中关于销售退回的处理，可能需要借记“应收退货成本”，贷记“库存商品”，并在实际退货时调整相关科目。