项目实施单位收到移民交来的安置房的房款时，应按照政府补助的相关会计准则进行处理。根据企业会计准则，这种情况下收到的款项属于专项应付款的一部分，会计处理如下：

1. 收到移民支付的房款时，按照实际收到的金额： 借：银行存款 贷：专项应付款——安置房补偿款

这部分款项用于补偿安置房的建设成本，如果建设成本大于收到的房款，超出部分通常由政府承担，体现在政府的专项应付款中。当实际支付安置房建设款时，应将专项应付款转至在建工程等相关科目，按照实际发生的建设成本进行资本化。

请注意，如果安置房建设完成后，需要根据工程成本和收到的房款情况，调整专项应付款的余额。如果专项应付款有结余，根据准则，可能需要将其作为资本公积处理。如果安置房建设成本小于收到的房款，超出部分可能需要退还给移民或按照政府规定处理。