根据企业会计准则第33号-合并财务报表（2014）的规定，合并日或购买日是指购买方实际取得对被购买方控制权的日期。在判断是否拥有控制权时，需要考虑投资方是否有能力主导被投资方的相关活动，这通常涉及到表决权的大小、其他合同安排以及实际行使权力的能力等因素。

在本案例中，A公司已经支付了B公司50%的股权对价款，但这并不自动意味着A公司能够控制B公司。控制权的判断还需要考虑其他因素，例如A公司是否能任命关键管理人员、是否能决定或否决重大交易，以及是否有其他协议使得A公司能够主导B公司的相关活动。此外，工商执照变更虽是形式上的一个重要步骤，但并非控制权转移的唯一标志。

因此，尽管支付了50%的股权对价，如果A公司满足了控制权的其他条件，即使工商变更尚未完成，A公司可能仍然可以把B公司并表。然而，如果工商变更的延迟构成了实质性障碍，或者A公司未能展示出对B公司的实际控制，那么A公司可能暂时不应将B公司并入合并财务报表。最终的决定需要基于所有相关事实和情况的全面分析。