根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，增值税发票应当在销售货物、提供劳务、服务、无形资产或不动产时开具。发票的开具应当根据实际发生的交易金额来进行，即依据实际收到的款项或者应收款项的金额来开具发票。

在您的情况中，您希望对方根据实际付款的金额来开具发票。这是符合税法规定的，因为发票应当反映实际的经济业务往来。如果对方坚持按照工程进度来开具发票，而不是按照实际付款金额，这可能会导致发票金额与实际支付金额不符，进而影响您公司的会计核算和税务申报。

您可以向对方解释，按照实际付款金额开具发票是符合税务法规的要求，这样做可以确保双方的财务记录准确无误，避免未来可能出现的税务风险。同时，您也可以强调这样做有利于双方建立长期稳定的合作关系，因为它体现了财务透明和合规经营的原则。

如果对方担心工程进度与预付款不符，您可以提出与对方协商，根据实际的工程进度和预付款金额，适时调整后续的付款计划和发票开具计划，以确保双方的利益都得到保护。

最后，您可以提醒对方，根据《企业会计准则》的相关规定，企业应当根据实际交易情况进行会计核算，发票作为重要的会计凭证之一，其金额应当与实际支付的款项相符合。这样可以避免在财务报表审计时出现不必要的问题。