当被投资企业注销时，持有该企业其他权益工具投资的企业需要按照企业会计准则进行相应的会计处理。根据《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量（2017）》，如果该投资是分类为以公允价值计量且其变动计入其他综合收益的金融资产（其他权益工具投资），那么在投资终止时，之前计入其他综合收益的累计利得或损失应当转出，计入留存收益。

具体来说，企业应当做如下处理： 1. 计算该投资的公允价值，与账面价值之间的差额（如有）。 2. 将之前计入其他综合收益的累计利得或损失转出，增加或减少留存收益。 3. 如果有减值准备，需要考虑减值准备的冲销或转出。

请注意，这里的处理是基于投资方不再持有被投资单位的权益，且该投资不再存在的情况。如果投资方在被投资企业注销前已经处置了部分股权，导致丧失共同控制或重大影响，那么剩余股权的处理可能会有所不同，可能需要按照《企业会计准则第2号——长期股权投资（2014）》的规定进行会计处理。但在被投资企业完全注销的情况下，上述处理通常适用。