企业收到的商业汇票面值为200,000元，贴现率为6%，期限为90天。贴现费用是企业提前获取现金时需要支付的利息。贴现费用的计算公式为：

[ \text{贴现费用} = \text{票面金额} \times \text{贴现率} \times \frac{\text{贴现天数}}{360} ]

这里的贴现天数是90天，贴现率为6%（年化利率），所以贴现费用计算如下：

[ \text{贴现费用} = 200,000 \times 6\% \times \frac{90}{360} ] [ \text{贴现费用} = 200,000 \times 0.06 \times 0.25 ] [ \text{贴现费用} = 200,000 \times 0.015 ] [ \text{贴现费用} = 3,000 \text{元} ]

因此，贴现费用为3,000元。