在合并报表中，土地使用权的摊销通常不会计入“在建工程”科目。根据企业会计准则，土地使用权如果是用于建造自用的固定资产，其摊销应在固定资产达到预定可使用状态前计入“在建工程”成本。然而，如果土地使用权是用于建造对外出租的房屋建筑物，那么在房屋建筑物建造期间，土地使用权的摊销应计入房屋建筑物的建造成本，即借记“在建工程”，贷记“累计摊销”。

在母子公司合并报表的场景下，如果子公司将土地租赁给母公司用于建造对外出租的房屋，那么这部分土地使用权的摊销应该与房屋建筑物的建造成本一起，体现在合并报表的投资性房地产成本中。当房屋建筑物完工并作为投资性房地产使用时，土地使用权的价值会按照房屋建筑物中自用建筑面积和对外出租建筑面积的比例进行分摊，分摊到对外出租部分的土地使用权价值会转入投资性房地产的成本，并在此后按照投资性房地产的后续计量模式（成本模式或公允价值模式）进行摊销。

因此，摊销不会直接体现在“在建工程”科目，而是体现在与之相关的最终资产的成本中，如投资性房地产。在合并报表中，母子公司之间的交易会进行抵销处理，土地使用权的摊销和价值转移会体现在调整分录中。