如果开票通知内的物料清单与实际发货清单不一致，这种情况通常涉及会计调整和可能的更正流程。根据会计原则，企业应当确保账面记录与实际交易相符。以下是处理步骤：

1. 识别差异：首先，确定哪些物料的数量或类型在开票通知和实际发货之间存在差异。这可能是因为订单更改、发货错误或其他原因。

2. 调整账目：如果物料多发，可能需要调整库存记录，增加库存量，并相应调整销售成本或发出商品的记录。如果少发，可能需要减少销售成本或发出商品，同时更新库存记录。

3. 开具调整发票：根据差异，可能需要开具红字发票（负数发票）来冲销原发票，或者开具新的发票来反映实际发货的物料。

4. 记录会计分录：根据差异，调整相应的会计分录。例如，如果物料多发，可能借记“库存商品”，贷记“主营业务成本”；如果物料少发，可能借记“主营业务成本”，贷记“库存商品”。

5. 沟通与协调：与客户沟通，解释情况，并根据合同或协议处理退款、重发或其他补偿措施。

6. 内部流程审查：评估为何出现这种差异，可能是内部流程的问题，需要改进以防止未来再次发生。

7. 记录和报告：确保所有的调整都记录在财务报表中，并在需要时报告给税务机关和其他相关方。

请注意，具体的会计处理应根据实际情况和适用的会计准则进行，可能需要咨询专业的财务顾问。