根据企业会计准则第36号——关联方披露（2006），关联方交易应当在财务报表中披露。然而，对外提供合并财务报表的，对于已经包括在合并范围内各企业之间的交易，如A公司与C公司之间的交易，是不予披露的。由于A公司收购了C公司51%的股份并将其并表，C公司的交易在合并报表层面已经体现在A公司中，因此A公司与B公司之间的交易，尽管在C公司角度看构成关联方交易，但在A公司的合并财务报表中不需要作为关联方交易单独披露。

但是，C公司与B公司之间的历史交易情况，以及这种交易模式如何在A公司收购C公司后继续存在，可能需要在A公司的年度报告中进行详细说明，以便财务报表使用者了解这种业务安排的性质和潜在影响。这可能包括在管理层讨论与分析（MD&A）或其他相关披露部分，而不是作为关联方交易的披露。

综上所述，站在A公司的角度，年度报告中不需要将C公司与B公司的交易作为关联方交易进行披露，但需要提供足够的信息来解释这种业务关系和交易的背景。