D。根据企业会计准则，政府补助如果是非货币性资产，且公允价值不能可靠取得的，应当按照名义金额（通常为1元）计量。因此，选项A是正确的。采用总额法核算政府补助，与日常活动相关的补助在摊销时确实应计入其他收益，所以选项B也是正确的。已计入损益的政府补助需要退回时，如果存在尚未摊销的递延收益，应当冲减相关递延收益账面余额，选项C同样是正确的。选项D表述不正确，因为企业可以根据情况变化改变核算方法，比如从总额法变更为净额法，或者反之，只要这种变更符合重要性和相关性原则，并且在会计政策变更的框架下进行。因此，企业在某些情况下可以并且应该变更政府补助的核算方法，所以选项D是不正确的。