收到政府拨付的专项债资金用于代建工程项目的支出时，会计处理通常如下：

收到专项债资金时： 财务会计： 借：银行存款 （实际收到的专项债资金） 贷：预收账款——预收工程款

当使用这笔资金进行工程支出时： 借：预付账款——预付工程款 贷：银行存款等 预算会计： 借：行政支出/事业支出——资本性支出等 贷：资金结存——货币资金等

在工程进度结算或确认在建工程成本时： 财务会计： 借：在建工程——建筑安装工程投资等 贷：预付账款——预付工程款

请注意，具体的会计处理可能会因实际情况和适用的会计政策而略有不同，以上处理适用于代建单位为事业单位的情况。如果代建单位为国有企业，处理方式会有所不同。在实际操作中，应参照具体会计准则和适用的会计政策进行调整。