在建工程已经转为固定资产后，新发生的费用应根据费用的性质进行不同的会计处理：

1. 如果是固定资产的日常维护和修理费用，这些通常被认为是费用化的后续支出，应直接计入当期损益，如管理费用或制造费用，借记“管理费用”或“制造费用”，贷记“银行存款”或其他相关科目。

2. 如果是固定资产的改良支出，即资本化的后续支出，如果满足资本化条件（比如显著提高了固定资产的性能、延长了使用寿命或改变了用途），则应增加固定资产的账面价值。首先，借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”或其他相关科目。当改良工程完成并达到预定可使用状态时，借记“固定资产”科目，贷记“在建工程”科目，同时调整固定资产的累计折旧和预计净残值。

3. 对于固定资产的更新改造，如果涉及替换原有部分，应将被替换部分的账面价值扣除，增加固定资产的成本，同时减少在建工程的金额。

4. 如果是由于自然灾害等原因造成的固定资产损失，应根据损失的性质和金额，可能记入“营业外支出”或“待处理财产损溢”科目。

这些处理方法遵循企业会计准则的规定，确保财务报表准确反映企业的经济活动。