如果公司购买的车辆在购买后不久发生自燃并报废，且报废后仅卖出1000元，会计处理如下：

1. 首先，车辆的原始成本为10万，报废后卖出1000元，因此产生了99900元的损失。

2. 报废车辆的账面价值应从固定资产账户转到“固定资产清理”科目，同时记录清理收入1000元。

会计分录如下：

借：固定资产清理 100000
累计折旧（假设无折旧） 0
贷：固定资产 - 车辆 100000

1. 接着，记录报废车辆的清理收入和相关税费（假设无税费或其他费用）：

借：银行存款 1000
贷：固定资产清理 1000

1. 最后，计算并记录净损失，即99900元：

借：营业外支出 - 非常损失（或处置非流动资产损失） 99900
贷：固定资产清理 99900

这样，车辆的损失就从固定资产账户转移到了当期损益中。请注意，如果车辆购买后已经计提了折旧，那么在转到“固定资产清理”科目时，需要扣除已计提的折旧。在这个例子中，假设车辆尚未开始计提折旧。