根据《中华人民共和国耕地占用税法》，耕地占用税是对占用耕地建房或从事其他非农业建设的单位和个人征收的税款。税率是根据各地具体情况设定的，案例中给出了每平方米25元的税额。

农户占用耕地的情况如下： - 种植花卉的耕地：900平方米，不属于耕地占用税的征税范围，因为种植农作物的耕地不征收耕地占用税。 - 非搬迁自建住宅的耕地：100平方米，这部分土地用于非农业建设，所以需要缴纳耕地占用税。

因此，农户应缴纳的耕地占用税计算如下： 耕地占用税 = 占用耕地面积 × 税额 耕地占用税 = 100平方米 × 25元/平方米 耕地占用税 = 2500元

所以，农户应缴纳的耕地占用税为2500元。